Có ba phương pháp lập trình máy công cụ CNC: lập trình thủ công, lập trình tự động và trung tâm gia công CAD / CAM.
Lập trình thủ công
Phần phân tích mẫu, xử lý quy trình, tính toán số, viết danh sách chương trình cho đến khi nhập và kiểm tra chương trình đều được thực hiện thủ công. Nó phù hợp để gia công điểm hoặc các bộ phận có hình học ít phức tạp hơn, nhưng rất - tốn thời gian và dễ xảy ra lỗi - khi lập trình các bộ phận phức tạp.
Lập trình tự động
Sử dụng máy tính hoặc máy lập trình để hoàn thành quá trình lập trình một chương trình bộ phận rất thuận tiện cho các bộ phận phức tạp.
CAD / CAM
Sử dụng phần mềm CAD / CAM để thực hiện lập trình tự động của mô hình và hình ảnh. Phần mềm điển hình nhất là Master CAM, phần mềm này có thể hoàn thành việc lập trình hai - tọa độ, ba - tọa độ, bốn - tọa độ và năm - tọa độ phay, tiện và cắt dây. Mặc dù loại phần mềm này có một chức năng duy nhất, nó rất dễ học và có giá thành rẻ.